干扰素作为一种免疫促进剂在临床上使用已日趋广泛，目前是治疗丙型和乙型肝炎的一线药，在肿瘤治疗方面亦起到相应效果。有些人认为，干扰素是免疫促进剂，使用它可能只有好处，没有坏处。其实任何药物都会有副作用，干扰素的不良反应不仅很常见，而且还多种多样。
早期不良反应用药一周内几乎所有患者都会出现流感样表现，如发烧、畏寒、身痛、头痛、出汗、恶心、呕吐等。症状较轻时可不予治疗，只须适当多喝些开水、卧床休息，一般10日左右症状便可消失。症状重者则须服用些解热镇痛药，如阿司匹林、消炎痛等。
中期不良反应用药1个月后有的病人会出现消化道症状、皮肤“过敏样”症状或精神症状，如食欲不振、嗳气、恶心、呕吐；注意力不集中，眩晕、判断力障碍、嗜睡或失眠，甚至产生悲观厌世等精神症状。如果患者原有抑郁、狂躁病史，则可能会使原发病加重或复发。
一般消化道反应较轻者，经2～4周可自行缓解，重者则宜服用促消化药。皮肤过敏反应一般一周左右可自行消退，不须特殊处理，但应注意避免刺激皮肤。失眠较重者可服用弱镇静剂，精神症状较重时则应立即减药，或停用干扰素。
部分患者在用药两个月后可出现脱发，大剂量用药时可提前发生，小剂量时可于3个月后发生，女性较男性更明显。此外还可导致一过性蛋白尿及白细胞和血小板数量下降等骨髓抑制现象，个别患者原有的糖尿病、心脏病可能加重。
虽然干扰素的不良反应在停药后可以逆转，副反应的轻重每个人并不一样，也不一定都会发生，但作为开方用药的医生，在使用干扰素前一定要给病人讲明利弊，病人一旦用药，就要有迎接不良反应的思想准备。